位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达(dá )230万人，其中约8成是(shì )学生的这座都市中，实(shí )施着超能力开发的特殊课(kè )程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。　　高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评(píng )价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。　　而上条的学生生活，由于暑(shǔ )假开始时(shí )从天而降的纯白修(xiū )女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵(yīn )蒂克丝”相遇(yù )开始(shǐ )，上(shàng )条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都(dōu )市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事(shì )件的过程中，他的人际关系也(yě )逐步扩展。之后，魔法一方(fāng )的十字教最大宗派罗马正教，终(zhōng )于注意到上条的存在……。　　如同(tóng )呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与(yǔ )逐渐开始对立的世界动向抗争的人(rén )不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。　　他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻(má )做过的那样(yàng )。　　科学与魔法(fǎ )第三次交织之时，故事将大幅推进！！