位于东(dōng )京西(xī )部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学(xué )生的(de )这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。高中生上(shàng )条当麻，也是住在学园都市(shì )的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能(néng )消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。而上条的学生(shēng )生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与(yǔ )逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂(dì )克丝(sī )”相遇开始，上(shàng )条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都(dōu )市的“科学”方、与茵蒂克(kè )丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程(chéng )中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗(zōng )派罗马正教，终于注(zhù )意到上条的存在……。如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大(dà )为改变的“英雄”们。他们挺身而(ér )出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！