位于东京西部的巨大“学园都市”。在总(zǒng )人口达230万(wàn )人，其中约8成是学生(shēng )的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予(yǔ )从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的(de )六阶段评价。 　　高中生上条(tiáo )当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由(yóu )于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连(lián )神的(de )加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无(wú )能(néng )力”，过着充满不幸的人生。 　　而(ér )上条的学(xué )生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔(mó )法”世界的她——“禁书(shū )目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的(de )“科学”方、与茵蒂克(kè )丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。 　　如同呼应魔法方一般，科学方的学园(yuán )都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世(shì )界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运(yùn )大为改变的(de )“英雄”们。 　　他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那(nà )样。 　　科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！