位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能(néng )力(lì )开发的(de )特(tè )殊课程，学生们的(de )能力被给(gěi )予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。 　　高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的(de )力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。 　　而上(shàng )条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变(biàn )化。自从与逃(táo )离(lí )“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的(de )事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件(jiàn )的过程中，他的人际关系也(yě )逐步(bù )扩展。之后，魔(mó )法一方的十字教最大宗派罗马(mǎ )正教，终于注意到上条的存在……。 　　如同呼应魔法(fǎ )方一般，科学方的学(xué )园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。 　　他们挺身而出(chū )与世界对峙。如同(tóng )上条当麻做过的那样。 　　科学与魔法第三次交织之(zhī )时，故事将大幅推进！！